晨起两侧腰部疼痛可能由多种原因引起，如腰肌劳损、腰椎间盘突出、泌尿系统疾病、肾脏疾病、女性妇科疾病等。 1. 腰肌劳损：长时间保持不良姿势或过度劳累，导致腰部肌肉紧张、痉挛，产生疼痛。治疗以休息、热敷、按摩等为主。 2. 腰椎间盘突出：腰椎间盘退变，髓核突出压迫神经，引起腰部疼痛，可伴有下肢放射痛。治疗包括卧床休息、物理治疗、药物治疗（如布洛芬、甲钴胺、甘露醇等），严重时需手术。 3. 泌尿系统疾病：如肾结石、输尿管结石等，除腰痛外，还可能有血尿、尿频、尿急等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动排出，较大的结石可能需要体外碎石或手术治疗。 4. 肾脏疾病：如肾炎、肾囊肿等，除腰痛外，还可能有蛋白尿、水肿等表现。治疗需根据具体病情，可能包括药物治疗、穿刺等。 5. 女性妇科疾病：盆腔炎、附件炎等妇科炎症，也可能导致腰部疼痛，常伴有下腹坠胀、白带异常等。治疗多采用抗生素（如头孢曲松钠、甲硝唑等）。 晨起两侧腰部疼痛的原因较为复杂，如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时到正规医院就诊，进行相关检查，如腰椎 CT、泌尿系统超声、肾功能检查等，以明确病因，采取针对性的治疗措施。