男人性交后第二天生殖器有痛疼感伴有尿急尿痛，可能是由以下因素导致：感染、机械性损伤、过敏反应、泌尿系统结石、性传播疾病等。身体不适时，应尽快寻求专业医疗意见，遵循医生的建议进行治疗，切莫自行开处方。
1.感染：常见的有尿道炎、前列腺炎。尿道炎多因细菌感染，如大肠杆菌等。前列腺炎可能是细菌感染或非细菌性炎症。症状包括尿频、尿急、尿痛、会阴部坠胀等。治疗常使用左氧氟沙星、头孢呋辛酯、阿奇霉素等抗生素。
2.机械性损伤：性生活时动作过于剧烈或姿势不当，可能导致生殖器损伤，引发疼痛和排尿异常。一般需要休息，若损伤严重可能需手术修复。
3.过敏反应：对避孕套材质、润滑剂等过敏，可引起局部炎症和不适。需避免接触过敏原，必要时使用抗过敏药物，如氯雷他定、西替利嗪等。
4.泌尿系统结石：如尿道结石，在性交后可能刺激尿道，产生疼痛和排尿问题。较小的结石可通过多喝水、多运动排出，较大的结石可能需要体外碎石或手术取石。
5.性传播疾病：如淋病、非淋菌性尿道炎等。这类疾病多由不洁性行为引起，常有脓性分泌物、尿道刺痛等症状。治疗需根据具体病原体选择药物，如大观霉素、多西环素等。
总之，出现上述症状应引起重视，尽快到正规医院泌尿外科就诊，明确病因后进行针对性治疗。同时，性生活时应注意卫生和方式，预防此类情况的发生。