怀孕三个月流出咖啡色液体可能是由多种原因引起的，如先兆流产、宫颈炎、胎盘低置、宫外孕、胚胎停育等。 1. 先兆流产：在孕早期，胚胎着床不稳定或孕妇体内孕激素不足等，可能导致先兆流产，出现咖啡色液体。此时需卧床休息，并在医生指导下补充孕激素，如黄体酮、地屈孕酮等。 2. 宫颈炎：孕期激素水平变化，可能使原有宫颈炎加重，导致阴道分泌物异常。一般先观察，若炎症严重，可在医生指导下使用对胎儿影响小的药物，如硝呋太尔制霉菌素阴道软胶囊。 3. 胎盘低置：胎盘位置较低接近或覆盖宫颈内口，也会引起少量出血。需卧床休息，避免剧烈运动，定期复查B超观察胎盘位置变化。 4. 宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管。随着胚胎发育，可能导致出血。一旦确诊，需及时治疗。 5. 胚胎停育：胚胎发育异常停止发育，会有出血表现。通过B超等检查确诊后，通常需进行清宫处理。 总之，怀孕三个月出现咖啡色液体需要引起重视，及时到正规医院妇产科就诊，通过B超、血HCG、孕酮等检查明确原因，并采取相应的治疗措施。