尿尿时阴茎疼痛可能由多种原因引起，包括尿道炎、前列腺炎、尿道结石、外伤以及阴茎局部感染等。若身体出现异常症状，请立刻就诊，根据医生的嘱咐进行治疗，切勿自行用药。
1.尿道炎：多因细菌感染，炎症刺激尿道黏膜导致疼痛。常见致病菌有大肠杆菌、淋球菌等。治疗上可使用左氧氟沙星、头孢呋辛酯等抗生素。
2.前列腺炎：前列腺发炎时，会引起周围组织疼痛，放射至阴茎。可选用环丙沙星、阿奇霉素等药物。
3.尿道结石：结石在尿道内移动或嵌顿，损伤尿道黏膜，引发疼痛。小结石可通过多喝水自行排出，大结石可能需要手术治疗。
4.外伤：阴茎受到外力撞击或摩擦损伤，尿尿时会感到疼痛。需保持局部清洁，避免感染。
5.阴茎局部感染：如龟头炎、包皮炎等，炎症蔓延可导致尿道疼痛。可用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等外用药物。
总之，尿尿时阴茎疼痛的原因较为复杂。如果出现这种情况，应及时到正规医院就诊，进行相关检查，如尿常规、前列腺液检查、B 超等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿和不洁性行为。

建议性生活后及时去厕所尿尿冲刷尿道里面的精液避免上火，同时注意多喝水尿就不至于过于浓缩，析出晶体的机会就减少，这样得肾结石的几率也会降低，产生相同尿液所用的时间也会相对减少，可以减低患尿道炎症的机会。