长期肌肉疼痛并伴有头痛腹痛，可能由多种因素引起，如感染、自身免疫性疾病、神经功能紊乱、代谢异常、肿瘤等。健康无小事，身体不适切莫忽视。及时就医，根据医生指导进行治疗，早日恢复健康。
1.感染：细菌、病毒等病原体感染，可引发炎症，导致身体多处疼痛。常见的如流感病毒感染，除了发热、咳嗽，还可能有肌肉酸痛、头痛、腹痛。治疗通常需要使用抗病毒药物如奥司他韦，或抗生素如阿莫西林等。
2.自身免疫性疾病：像风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等，自身免疫系统错误攻击身体组织，引起疼痛。治疗可能会用到免疫抑制剂如环孢素，以及非甾体抗炎药如布洛芬。
3.神经功能紊乱：长期精神紧张、压力大，可能导致神经调节失衡，出现疼痛症状。可通过调整生活方式、心理疏导来改善，必要时使用营养神经的药物如甲钴胺。
4.代谢异常：如糖尿病引起的周围神经病变，或电解质紊乱，也会导致疼痛。控制血糖、补充电解质是主要治疗方法。
5.肿瘤：某些恶性肿瘤在早期可能表现为不明原因的疼痛。需要进行全面检查，明确诊断后制定治疗方案，可能包括手术、化疗、放疗等。
总之，出现长时间的肌肉疼痛伴头痛腹痛，应引起重视，及时到正规医院进行全面检查，明确病因后采取针对性治疗。