韦格纳肉芽肿性巩膜炎的病因不明。近年的研究显示，Wegener肉芽肿可能是一种由T细胞介导的迟发型超敏反应，发病机制主要为免疫复合物，抗血管内皮细胞抗体淋巴细胞和抗溶酶体抗体介导的免疫损伤，其中淋巴细胞介导的损伤可导致形成离合T细胞和巨噬细胞的肉芽肿，且对软组织损伤的作用较大。也有认为是一种对未知的吸入抗原的过敏反应，该过敏反应导致呼吸道肉芽肿性炎症、血管炎，血清IgA和IgG升高及全身血管和器官受累。眼部受累的原因部分是由邻近眶周和上呼吸道病变蔓延而来，孤立的局限性WG是由于局部的坏死性血管炎所致。虽然未发现家族、地理和职业等因素与韦格纳肉芽肿性巩膜炎有关，但有研究提示在韦格纳肉芽肿性巩膜炎HLA-B8抗原的检出率高。组织病理改变为：实质性组织损伤、小血管炎和肉芽肿性炎症，还有报道认为此病与某些病毒感染造成的病理损坏有关。

病因不明，认为是一种对未知的吸入抗原的过敏反应，该过敏反应导致呼吸道肉芽肿性炎症，血管炎，血清IgA和IgG升高及全身血管和器官受累，虽然未发现家族，地理和职业等因素与该病有关，但有研究提示在该病HLA-B8抗原的检出率高。