由于肉毒梭菌外毒素在碱性液中易破坏，在氧化剂作用下毒性减弱，故确诊或疑似肉毒中毒时，可用5%碳酸氢钠或1∶4000高锰酸钾溶液洗胃，清除摄入的毒素。对没有肠麻痹者，可应用导泻剂和灌肠排除肠内未吸收的毒素，但不宜使用枸橼酸镁和硫酸镁。因镁可加强肉毒梭菌毒素引起神经肌肉阻滞作用。

患者应严格卧床休息，并予适当镇静剂，以避免瘫痪加重。患者于食后4h内可用5%碳酸氢钠或1：4000高锰酸钾溶液洗胃及灌肠，以破坏胃肠内尚未吸收的毒素。 　

1.一般治疗
　　(1)清除胃肠内毒：由于肉毒梭菌外毒素在碱性液中易破坏，在氧化剂作用下毒性减弱，故确诊或疑似肉毒中毒时，可用5%碳酸氢钠或1∶4000高锰酸钾溶液洗胃，清除摄入的毒素。对没有肠麻痹者，可应用导泻剂和灌肠排除肠内未吸收的毒素，但不宜使用枸橼酸镁和硫酸镁。因镁可加强肉毒梭菌毒素引起神经肌肉阻滞作用。
　　(2)对症治疗：加强护理，密切观察病情变化，呼吸道有分泌物不能自行排出者，应予以定期吸痰，必要时选择气管切开。一旦发生呼吸衰竭，应尽早使用人工呼吸器辅助呼吸，对较轻的病例可作气管插管。对严重肠梗阻患者应用鼻胃管胃肠减压。有尿潴留者应给予持续导尿。天咽困难者用鼻饲或静脉滴注，发生肺炎等继发感染时给予适宜的抗菌药物。创伤型肉毒中毒患者，必须彻底清创，并给予抗血清。
　　(3)补充液体及营养：有吞咽困难者应予鼻饲饮食或者静脉滴注每天必需的液体、电解质及其他营养。
　　2.抗毒素治疗精制肉毒抗毒血清可中和体液中的毒素。一般主张早期、足量使用。在毒型未能鉴定之前应给予多价抗毒素(A，B，E混合三联抗毒素)5万～10万U，一次肌内注射或静脉注射，6h后重复给药。重症病例，减量或停药均不宜过早。当毒素型别明确时，应采用同型抗毒素血清注射。抗毒素血清注射前，应作皮内过敏试验，如为阳性，必须由小剂量开始、逐步加量脱敏注射，直到病情缓解为止。婴儿肉毒中毒的治疗，由于患儿血中很少有毒素，故一般不建议使用抗毒素，主要采取对症治疗。近来有人主张大剂量青霉素，可减少肠道内肉毒梭菌外毒素的产生和吸收。
　　3.其他治疗吡啶(pyridine)能刺激神经生芽，可缩短病程;盐酸胍啶有促进周围神经释放乙酰胆碱作用，故认为对神经瘫痪和呼吸功能有改进作用，剂量为15～50mg/(kg·d)，可经鼻饲给予，但对严重的呼吸衰竭患者则无效。
不良反应有胃肠反应、麻木感、肌痉挛、心律不齐等。抗生素仅适用于有并发感染者。