输尿管囊肿的诊断，需综合症状、检查等多方面，如膀胱肿瘤、输尿管肿瘤、膀胱脱垂等。身体感到不适时，务必及时就诊，听从医生的建议进行诊治，不要自己擅自用药。
1.膀胱肿瘤：间歇性肉眼血尿，尿脱落细胞检查可找到肿瘤细胞，B超和CT示膀胱内实质性肿块，膀胱镜检查可见新生物，活检可确诊。
2.输尿管肿瘤：多以肉眼血尿为主，尿脱落细胞检查可找到肿瘤细胞，IVU显示输尿管下段充盈缺损，膀胱镜检查有时可见输尿管口有肿瘤组织突出。
3.膀胱脱垂：女性多发，尿道外口有突出肿块，可致输尿管梗阻，膀胱镜检查可见膀胱黏膜充血水肿，输尿管开口处无囊性肿块。
综合多种因素和检查，有助于准确诊断输尿管囊肿。

反复尿路感染，排尿困难的小儿应考虑本症的可能，尤其是尿道口有红色可疑物出现的女孩，应高度怀疑此症，结合影像学及内腔镜检查可以明确诊断。鉴别诊断：
1.膀胱肿瘤，
2.输尿管肿瘤，
3.膀胱脱垂。

诊断反复尿路感染，排尿困难的小儿应考虑本症的可能，尤其是尿道口有红色可疑物出现的女孩，应高度怀疑此症，结合影像学及内腔镜检查可以明确诊断。