遗传因素在错颌畸形的病因中占比生较高，有资料报告称我国错颌畸形的遗传因素约占错颌畸形病因的29.4%。常见的遗传因素的错颌畸形有颜面不对称，牙间隙，牙列拥挤，牙的数目、形态、萌出时间异常，下颌前突，上颌前突，下颌后缩和深覆合等。遗传性错颌畸形矫治比较困难，应争取及早明确诊断并制定治疗计划，选用适宜的矫治器，治疗结束以后坚持进行长期随访，矫治后也需作较长时间的效果保持。还有环境因素(
1)疾病因素，妊娠期母体的营养不良或患病会造成胎儿牙颌面发育不良或发育异常。儿童时期的一些急、慢性疾病能影响牙、颌、面及全身的生长发育。如：维生素D缺乏引起钙磷代谢障碍，而致颌骨、牙弓发育畸形，临床上常呈下颌前突、下颌角大、前牙开颌、牙列拥挤等错颌表现。又如甲状腺功能低下、垂体性巨大症等内分泌疾病也均可引起错颌畸形。
(2)口腔不良习惯，如吮拇指习惯，可造成前牙开颌、牙弓狭窄；儿童有吐舌或萌牙时以舌舔牙不良习惯，均可造成前牙开颌；咬下唇不良习惯可使上前牙唇向，形成前牙深覆盖及下颌后缩；咬上唇不良习惯可使下颌前突、前牙反颌；偏侧咀嚼习惯可使咀嚼侧后牙呈反颌，上下牙弓中线向咀嚼侧偏歪，颜面出现双侧不对称畸形。
(3)儿童替牙期常因局部障碍造成错颌畸形

错颌畸形的形成因素和机制是错综复杂的，其发生过程可能由单一因素及单一机制在起作用，也可能是多种因素或多种机制共同作用的结果。从错颌畸形形成的时间上来划分，错合畸形的病因可分为先天性因素和后天性因素两大类，但是针对个体错颌畸形发生机制的角度来说，错颌畸形的病因可分为内在的遗传因素和外界的环境因素。

主要有两类：①遗传因素。来源于种族演化和双亲遗传两方面。在人类进化中，随着食物由生变熟和细软，咀嚼功能渐弱，致使口颌器官渐退化。其中，颌骨退化快于牙齿，导致牙量大于骨量，出现牙齿拥挤等错。双亲的牙颌畸形可遗传给子女。②获得因素。在胎儿期，母亲患病、接受放射线过量和外伤等，可导致胎儿先天性牙颌面畸形，如唇腭裂合并牙畸形；小儿疾病如佝偻病、慢性鼻炎和腭扁桃体炎等，人工哺乳时的奶瓶位置及喂养姿势不正确，儿童食物过细软，诸如吐舌、吮指、咬下唇、口呼吸和偏侧咀嚼等不良习惯，替牙期间的乳牙早失、滞留、邻面龋坏、多生牙和先天缺失牙等，均可引起错畸形