呼吸衰竭可能引发多种并发症，包括心血管系统、呼吸系统、神经系统、消化系统及血液系统等方面的问题。身体不适时，应尽快寻求专业医疗意见，遵循医生的建议进行治疗，切莫自行开处方。
1.肺性脑病：因缺氧和二氧化碳潴留导致脑组织损害，出现神经精神症状。
2.酸碱平衡失调及电解质紊乱：常见代谢性酸中毒、呼吸性酸中毒等。
3.心律失常：心肌缺氧及酸碱失衡可诱发。
4.消化道出血：应激性溃疡导致，与缺氧和二氧化碳潴留有关。
5.弥散性血管内凝血（DIC）：多系统功能障碍引起凝血机制异常。
6.肾功能不全：低氧血症和高碳酸血症影响肾脏血液循环。
呼吸衰竭并发症较多，病情复杂，需及时治疗原发病，预防和处理并发症。

呼吸衰竭为病因中各疾病的并发症，并非单独一个病，并发症因病因不同而出现各种不同的疾病。

并发症包括呼吸衰竭时，对机体各系统正常功能的影响以及各种治疗措施（主要是呼吸机治疗）带来的危害，如：呼吸道感染，肺不张，呼吸机与肺损伤，气管插管及气管切开的并发症，肺水肿与水潴留，循环系统并发症，肾脏和酸碱平衡等。