肉毒杆菌食物中毒的诊断，主要依据临床表现、食物史、实验室检查等。包括中毒症状、进食可疑食物、毒素检测、神经电生理检查、细菌培养。身体健康为重，一旦感到不适，应及时就医，避免自行诊断用药带来的风险。
1.中毒症状：患者常出现头晕、乏力、视力模糊、吞咽困难、呼吸困难等。
2.食物史：了解近期是否食用过自制罐头、发酵豆制品、腊肉等易污染食物。
3.毒素检测：通过血清、粪便等检测肉毒毒素。
4.神经电生理检查：有助于判断神经损伤程度。
5.细菌培养：对可疑食物进行肉毒杆菌培养。
综合以上各项检查和病史，可对肉毒杆菌食物中毒进行准确诊断。

诊断方法（一）有进食可疑食物，特别是火腿、腊肠、罐头或瓶装食品史，同餐者集体发病。（二）有特殊的神经系统症状与体征，如复视、斜视、眼睑下垂、吞咽困难，呼吸困难等。（三）确诊可用动物试验查患者血清及可疑食物中的肉毒毒素，亦可用可疑食物进行厌氧菌培养，分离病原菌。在战争环境中，须警惕敌人施放含肉毒素的气溶胶；如有可疑，可将气溶胶从附着处洗下，进行动物试验。动物试验：
（1）取早期血清注入小白鼠（或豚鼠、小猫）腹腔，每鼠1毫升，对照组分别加用a、b、e、f型抗毒素，如有肉毒毒素，则小白鼠出现呼吸困难及蜂腰（腰部凹下如蜜蜂）和失声，但加用同型抗毒素者无症状。
（2）取可疑食物生理盐水浸出滤液，用上述方法注入小白鼠腹腔，观察结果，另外以经100℃加热20分钟灭毒的浸出滤液为对照。
（3）禽类眼睑注射法，将标本液0.1～0.5毫升注射于鸡、麻雀或鸽子等一侧下眼睑皮下，另侧注射稀释用液作对照。如眼睑闭合，可判定标本中含有肉毒毒素。根据标本中毒素量不同，检出时间从十几分钟到48h不等。如将不同型别的抗毒素分别加入标本液，则可借以判定毒素的型别。
2．间接血凝试验 用肉素抗毒素致敏的红细胞来检查可疑食物浸出液有无毒素，特异性及敏感度都很高。
鉴别诊断：与脊髓灰质炎、白喉后神经麻痹、流行性乙型脑炎、急性多发性神经根炎、毒蕈及葡萄球菌肠毒素中毒等相鉴别。